实际上，当初佐拉博士在里海营的实验室里骗了威廉他们。生化士兵计划刚开始并不是为了超级士兵的研究，而是为了给红骷髅创造出一个新的身体。
佐拉博士通过用红骷髅之前保存的dna进行生物实验，成功创造出了红骷髅的复制体，并且把真正红骷髅的意识转移了进去。
这是一个非常复杂而又危险的实验，但是最后实验成功了，红骷髅成功睁开了眼睛，就算这个身体是生化复制体，可是他的力量比之前更强大。
红骷髅回来后一直在暗中操控着一切，整个九头蛇中，只有极少部分的boss知道他回来的秘密。
亚历山大皮尔斯、吉迪恩马利克还有冯斯特拉克。
在红骷髅的命令下，九头蛇一直在暗中潜伏，隐藏在神盾局的阴影下不断壮大。
他通过冬日战士计划，去刺杀对他有危险的目标，不断影响世界的局势，获得自己对九头蛇的控制。
钢铁侠诞生后，他盯上了托尼斯塔克的技术。绿巨人出现后，他又想要抓住这个可怕的怪物。憎恶死后，他一直想要得到憎恶的尸体。
雷神来到地球后，他对毁灭者的技术很感兴趣。他一直想要重新夺回宇宙魔方，可是神盾局对于魔方一直是严加看守，知道雷神的威胁后，神盾局才开始第二阶段的计划。
纽约大战，他想要消灭整个复仇者联盟，所以他才让世界安理会去发射核弹。
纽约大战结束后，基里安带着复仇之火而来，他又盯上了绝境病毒。
……
这样的事情还有很多，几乎可以说每一件和九头蛇有关的事情都有他的影子。神盾局陷落，就是他一手策划的，皮尔斯也不过是他的棋子。
是他让美国队长复制体混入复仇者联盟，他化身国务卿戴尔，找到罗斯将军让其成为红巨人，把绿巨人驱逐到月球，为的就是宇宙魔方，想要重新武装九头蛇大军，就像是当初二战一样。
九头蛇的航母都已经包围白宫，那是九头蛇帝国最接近成功的一次，可是最后美国队长复制体还是失败了。红骷髅只好在复仇者联盟种下了分裂的种子。
异人族的秘密，泰瑞根水晶这是他非常想要得到的，当他知道九头蛇之神的秘密后，更是来到异星球，把蜂巢抢了过来。
尼日尼亚的爆炸案，冬日战士复制体，分裂的种子开花结果，这一切都在他的计划中。红骷髅是为了复仇而来，这个世界没有人能阻挡他，因为他才是九头蛇的支配者！
“施密特，你杀了那么多的人，做了那么多的坏事，难道就是为了向我复仇吗？”美国队长沉声说道：“你现在还想要建立你的九头蛇帝国吗？”
“帝国总有一天会被倾覆。但是力量是永恒的，对整个宇宙来说，力量才是真理！”红骷髅冷声说道：“建立帝国已经不是我的梦想，我现在的梦想是得到所有的无限宝石，成为真正永恒的神！”