方从哲听后倒是心里一颤，心道：“自陛下施严政以后，连其身边的厂卫也这么强硬起来，三个侯，一个南京兵部尚书，就这么被杀了！以后，这天下权贵士绅要想不被陛下压制，就只有造反了，而一旦这些权贵士绅造反成功，那自己肯定会是第一个被千刀万剐的，毕竟陛下到底还是天下之主，只要权贵士绅们还想用大明的国号做人上人，还是得给陛下几分颜面，就像隋炀帝也只是被勒死一样。”
因为这样想，所以，方从哲不由得暗自发誓一定不要让有反意的人造反成功。
魏忠贤此时也是和方从哲一样的想法。
即便他也不是很愿意看见这样的局面出现，但魏忠贤知道，他已经是皇帝的附庸，他必须毫无保留地支持自己的皇爷。
所以，魏忠贤没有因为朱由校说许显纯杀得好，而心生反对之意，只继续淡然地禀报道：“启禀皇爷，许指挥使还上奏报说他已抓捕涉嫌非法结社、抨击朝政的士子达六百七十余人。”
“拟旨，入社非法文社者全部革除功名，组建非法文社者，革除功名，罚没其产，归地方藩库，为助学济民之费，并流放三千里！”
朱由校这时候对方从哲吩咐了起来。
“臣遵旨！”
方从哲没有谏阻，他也知道这个时候必须从严。
而且，方从哲也将崇文寺送抵的题本递向了朱由校：“陛下，崇文寺也来了奏报，他们已查处书铺三百四十九处，抓捕出售妖书禁书、诽谤朝政之反书之人达一千三百零七人。”
朱由校听后点了点头，吩咐道：“拟旨，出售妖书禁书之人，有功名者全部革除功名，然后流放戍边，并罚没其产，归地方藩库为助学济民之用！吩咐地方巡抚拿这笔钱多开官办社学而减少私立书院，多建官办医馆与公用旱厕以及水渠，而惠民且增强地方抵抗时疫的能力；无功名者，流放戍边，罚没其产，归地方藩库为助学济民之用，也与朕刚才所说的一样，增加官府收税后反哺百姓的功能，不要再只靠个别有良知的乡绅建设地方！出售诽谤朝廷之反书者，撰写者与出售者，皆斩！”
因为和皇后闲谈得知地方上，大地主大乡绅破坏性很强，但一些有良知的小地主小乡绅对基层维稳又有积极的作用，所以朱由校没打算把通过查抄违法出书与讲学的钱财收归朝廷中央，这样做一是现在朝廷国库充盈了不少，不需要这笔不是很大的钱财，而且，运进京又徒然增加更多运费；
二是朱由校希望增强官府在基层的管控能力，所以就觉得还不如把这笔钱留在地方开社学医馆和公共厕所以及公用水渠等，以这种方式在得罪江南大乡绅大地主的同时，拉拢江南小地主和庶民，这叫做打一帮拉一帮。
“陛下圣明！臣这就拟旨！”
方从哲颇为讶然于皇帝这手段，忙真心实意地奉承了一句。
接着，方从哲又道：“陛下，东南总督冯铨奏报，钱谦益、叶茂才、陈于泰、张溥等哭孔庙，祭祀因抗税和煽动乡民闹事且袭杀朝廷钦差而死的徐元庆、董祖和、顾永成的人，且哭喊先帝，欲要让先帝为他们伸冤，其用心险恶，明显有诽谤朝廷、对圣上不满且有谋逆之心，故请予以严惩。”
哭庙？
朱由校听后直接说道：“所奏主犯全部斩立决，籍没家产，另外，据朕所知，这钱谦益乃探花出身，竟也如此目无国法、对朕大不敬，特处其溺死之刑！”
“是！”